Ketika Pemerintah pusat Republik Indonesia yang baru beberapa bulan merdeka hijrah ke Ibu kota Revolusi Yogyakarta pada tanggal 4 Januari 1946, pimpinan Antara juga memutuskan untuk mengungsikan kantor pusatnya ke Yogyakarta. Antara di Jakarta tetap di pertahankan, tetapi hanya sebagai kantor cabang.

Keadaan ini berlangsung sampai saat Belanda menarik kembali pasukannya dari Yogyakarta tujuh bulan kemudian, Juli 1949, dan Antara pusat dipulihkan di Jakarta pada bulan berikutnya.